Cộng hòa Ezo thành lập

Sau thất bại tại Honshū, Enomoto Takeaki chạy trốn đến Hokkaidō cùng tàn quân và một nhóm các cố vấn Pháp. Họ cùng nhau xây dựng một chính quyền mới, với mục đích xây dựng một đảo quốc độc lập vì mục tiêu phát triển Hokkaidō. Họ chính thức thành lập Cộng hòa Ezo theo kiểu Hoa Kỳ vào ngày 15 tháng 12, nước cộng hòa duy nhất ở Nhật từ trước tới nay, Enomoto được bầu làm Tổng tài (tương đương với Tổng thống) với tỷ lệ phiếu cao. Nước cộng hòa cố tiếp cận với các công sứ nước ngoài hiện diện ở Hakodate, ví dụ như Hoa Kỳ, Pháp và Nga, nhưng không có được bất kỳ sự công nhận quốc tế hay ủng hộ nào. Enomoto đề nghị tặng lãnh thổ của mình cho Shōgun Tokugawa dưới luật lệ của triều đình, nhưng đề nghị của ông bị Hội đồng Hoàng gia bác bỏ.[43]

Trong suốt mùa đông, họ củng cố bố phòng xung quanh phía Nam bán đảo Hakodate, với pháo đài mới Goryokaku ở trung tâm. Quân đội được tổ chức dưới quyền chỉ huy Pháp-Nhật, Tổng tư lệnh Otori Keisuke và cấp phó là Đại úy Pháp Jules Brunet, và được chia thành bốn lữ đoàn. Mỗi lữ đoàn do một hạ sĩ quan Pháp chỉ huy (Fortant, Marlin, Cazeneuve, Bouffier), và mỗi lữ đoàn lại chia làm hai, dưới quyền chỉ huy của người Nhật.[44]

Thất bại cuối cùng và đầu hàng

Hải quân triều đình tiến đến cảng Miyako ngày 20 tháng 3, nhưng đoán trước được sự xuất hiện của các chiến thuyền triều đình, những người nổi loạn Ezo lên một kế hoạch táo bạo chiếm tàu Kotetsu. Ba thuyền chiến được hạ lệnh bất ngờ tấn công, trong trận đánh sau này gọi là Hải chiến Miyako. Trận đánh kết thúc với thất bại của phe Tokugawa, chủ yếu là do thời tiết, trục trặc động cơ và quyết định là việc sử dụng súng máy của quân đội triều đình chống lại sự tấn công của các đội samurai.[45]

Quân đội triều đình sớm củng cố vị trí của mình trong nội địa Nhật Bản, vào tháng 4 năm 1869, phái đi một hạm đội và 7.000 lục quân đến Ezo, mở màn trận Hakodate. Quân đội triều đình tiến rất nhanh và giành được chiến thắng trong trận hải chiến vịnh Hakodate, trận hải chiến quy mô lớn đầu tiên của Nhật Bản giữa hải quân hiện đại, pháo đài Goryokaku bị bao vây với 800 người còn lại. Thấy tình hình đã trở nên tuyệt vọng, các cố vấn Pháp chạy đến một con tàu Pháp neo ở vịnh Hakodate - Coëtlogon, dưới quyền thuyền trưởng Dupetit-Thouars – từ đây họ chạy về Yokohama rồi sau đó là nước Pháp. Người Nhật yêu cầu các cố vấn Pháp phải bị xét xử tại Pháp; tuy vậy, vì sự ủng hộ của dân chúng Pháp với hành động của họ, các cựu cố vấn Pháp ở Nhật không bị trừng trị vì hành động của mình.

Enomoto quyết tâm chiến đấu đến hơi thở cuối cùng, và đã gửi những vật quý giá của mình cho kẻ thù cất giữ.[46] Nhưng Otori thuyết phục ông đầu hàng, nói với ông rằng quyết định sống để vượt qua thất bại mới thực sự dũng cảm: "Nếu muốn chết, ngài có thể chết bất kỳ lúc nào."[47] Enomoto đầu hàng vào ngày 18 tháng 5 năm 1869 và chấp nhận sự trị vì của Thiên hoàng Minh Trị. Cộng hòa Ezo (Hà Di) chấm dứt tồn tại vào ngày 27 tháng 6 năm 1869.